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中国转化医学大科学设施ASTRA平台跻身全球IO500榜单前十
2021年11月25日 10:37   来源:中国新闻网  

  中新网上海11月23日电 (记者 陈静)记者23日获悉,国际超级计算大会SC21正式公布全球最新IO500榜单。上海交通大学医学院附属瑞金医院转化医学大科学设施建设的大数据平台ASTRA跻身前十,位列第八。

  据悉,目前AI和大数据正在各行各业渗透,算力和存储性能是评价超算平台的重要指标。转化医学大科学设施研究员吕纲23日接受中新网记者采访时表示,ASTRA平台从存储性能上打破了生信行业的天花板,随着高性能计算技术与医学研究的融合,高效的存储技术会对未来生信分析和AI技术在临床的应用带来重要的推动作用。

  ASTRA平台隶属于转化医学国家重大科技基础设施(上海)生信大数据平台。转化医学国家重大科技基础设施(上海)是“十二五”期间国家重点规划的16项重大科技基础设施之一,是中国在生物医药领域的国家级大设施。上海交通大学和上海交通大学医学院附属瑞金医院为大设施两大建设主体。

  IO500是高性能计算领域针对存储性能评测的全球排行榜,是高性能计算领域最权威的榜单之一。转化医学大科学设施是首次参评的医疗机构,该平台由瑞金医院和intel工程师一起经过近半年的准备和技术反复优化,最终提交评测。

  生物标记物和新药研发平台是转化医学国家重大科技基础设施技术支撑系统的重要组成之一,目标是建立致力于提供系统鉴定用于疾病早期诊断、预防、分子分型和指导个体化治疗的生物标记物的平台,并围绕临床实践建立系统筛选与验证干预疾病的药物靶点及研发新型靶向治疗方法的平台,为新型疾病诊疗研发开辟一条快捷的新途径。

  据介绍,在转化医学的背景下,生信大数据平台采取了定制化的高性能计算平台技术思路,为生信计算的“存”“传”“算”“用”四个方面(即:数据存储、数据传输、数据分析计算和数据的整合应用)量身定制相关技术。

  采访中,记者了解到,5月20日,《自然》杂志在线发表了一篇来自上海市公共卫生临床中心与转化医学国家重大科技基础设施(上海)以及瑞金医院等单位合作研究的题为《与新冠临床结果相关的病毒和宿主因素》的论文。该论文揭示了新型冠状病毒性肺炎的分子流行病学和临床表现特征,尤其是发现了向重症转化的关键预警因子。从1月27日收到第一例测序样本,到完成基因组组装和临床数据分析、向国际数据库递交了112个病例的SARS-CoV-2基因组高质量序列数据以及文章撰写提交等过程只用了短短45天时间。2020年1月刚刚上线ASTRA平台提供了强劲的算力和存储支撑,功不可没。(完)

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编辑:王丹沁  

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